Nel territorio di Cocconato una cappella intitolata a San Sebastiano esisteva già nel XIII secolo. Nella seconda metà dell’Ottocento, a seguito delle continue grandinate che devastavano le campagne, un empirico di Crescentino suggerì di “fabbricare la chiesetta campestre di San Sebastiano in sostituzione di quella che esisteva già qualche secolo prima colla scomparsa borgata della Bissocca”.
La chiesa attuale venne edificata lungo la strada provinciale che unisce Cocconato a Piovà Massaia, all’angolo con la strada vicinale del Giardino, più in basso di quella antica preesistente, su un terreno concesso gratuitamente da Francesco Giachino, con il concorso di tutta la popolazione e consacrata il 15 giugno 1886. L’edificio è a pianta rettangolare con abside semicircolare, esternamente in mattoni a vista; il manto di copertura, in coppi laterizi, è a due falde sull’aula e semiconica sull’abside. Nel 1890 venne aggiunto un imponente porticato, a tetto nudo, suddiviso anteriormente in tre campi.
Un tempo vi era un piccolo campanile. All’interno la volta è a botte. L’altare collocato al centro dell’abside è in muratura e stucco; originariamente vi era una pala databile ad un periodo compreso tra la fine del XVII e l’inizio del XVIII secolo, raffigurante i santi Fabiano, Sebastiano e Rocco, oggi esposta nella chiesa parrocchiale di Santa Maria della Consolazione. Dopo le riparazioni del tetto e dell’abside, avvenute nel 1931 “col generoso concorso e oblazione della popolazione che è devota a San Sebastiano perché a lui si raccomandò nelle annate, varie di seguito, quando la grandine distruggeva i raccolti”, la cappella non ha subito ulteriori interventi.
Sino agli anni Ottanta del Novecento, veniva celebrata la messa una volta all’anno, durante il mese mariano.